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楼主: Yungsiyebu

Yfull官方估算:M1706/F46/F11形成年代和最近共祖年代

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 楼主| 发表于 2015-3-3 00:35 | 显示全部楼层
本帖最后由 Yungsiyebu 于 2015-3-3 00:49 编辑
我晕,不加下游怎么计算年龄,你这样算的话,千人组中的2个M122+,M324-的样本终端SNP年龄都2万年前了。
风虎云龙 发表于 2015-3-3 00:04

统计了扣除X共享突变外的所有私有突变。

我还没有全部录入,工作量有点大,但以X-NO 4.11万【假设yfull对X-NO的估算是较为接近实际情况的】为标尺,各样本相差非常小了。当前统计的样本,粗略估算:

M7:12,400
F238:11,200
F11:9,400
[size=13.63636302948px]F46:8,700
M1706:[size=13.63636302948px]5,600
发表于 2015-3-3 08:43 | 显示全部楼层
推荐个能打开链接的代理吧,我goagent三个规则都试了进不去。这个倒是应该找个时间研究一下
snelheid 发表于 2015-3-3 00:15
文章附件在此帖http://www.ranhaer.com/viewthread.php?tid=30911&extra=
发表于 2015-3-3 08:54 | 显示全部楼层
46# snelheid 试下赛风最新版。电信的网络好用。

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发表于 2015-3-4 16:05 | 显示全部楼层
文章附件在此帖http://www.ranhaer.com/viewthread.php?tid=30911&extra=
风虎云龙 发表于 2015-3-3 08:43


这个就是根据他们从YFull数据库里的35个样本(不含那3个O)进行全测取样得到它们相对于K(xLT)的突变总数,然后求出每个单倍群在每bp(基对)上的平均突变数(与每个亚分支的情况类似)为36.36 мут./Mbp.(мут表示mutation),然后用乌斯季伊辛人(УИЧ)的数据校正得到的一个置信水平为0.95的样本年均突变率,不过他以每bp上的突变数去除,怎么转化到每年的,里面有几个常数都不是直接数,确实还得有时间再算一下,因为文中没给出这些系数的来源
发表于 2015-3-4 16:20 | 显示全部楼层
这个就是根据他们从YFull数据库里的35个样本(不含那3个O)进行全测取样得到它们相对于K(xLT)的突变总数,然后求出每个单倍群在每bp(基对)上的平均突变数(与每个亚分支的情况类似)为36.36 мут./Mbp.(мут表示 ...
snelheid 发表于 2015-3-4 16:05
36.36 мут./Mbp的计算是包含了那三个O系三大簇的样本了的。
1.png
发表于 2015-3-4 17:32 | 显示全部楼层
36.36 мут./Mbp的计算是包含了那三个O系三大簇的样本了的。
风虎云龙 发表于 2015-3-4 16:20

那是当然的,我只顺带提一句,没说不包含吧,它的平均数是基于表中的38个样本,3个是另加的。36.36 мут./Mbp.的数据不就是从该表中得来的。我说的是它依据的是每bp的平均突变数,这个令人有些疑惑,需要有时间再看看它那些非直接数的除数是怎么算来的
发表于 2015-3-4 18:15 | 显示全部楼层
说白了,就是这个式子里的44890是怎么算来的?

QUOTE.png

这个44890的单位应该是年,可能是依据C14测年得到的乌斯季伊辛人的一个相对年代常数,而36.36是每个样本每Mbp的相对平均突变数(这里乌人总共是11个相对突变数,采自总长为8.463Mbp的一段序列。两者相除后得到的1.30作为校正常数),1.30是乌人每Mbp的相对平均突变数,那么两者相减就是现代人样本平均每bp相对于乌人的相对突变数
发表于 2015-3-4 18:18 | 显示全部楼层
44890是Ust-Ishim距今的年龄
发表于 2015-3-4 18:19 | 显示全部楼层
说白了,就是这个式子里的44890是怎么算来的?

41705

这个44890的单位应该是年,可能是依据C14测年得到的乌斯季伊辛人的一个相对年代常数,而36.36是每个样本每Mbp的相对平均突变数(这里乌人总共是11个相对突变 ...
snelheid 发表于 2015-3-4 18:15
正解
发表于 2015-4-5 22:15 | 显示全部楼层
46# snelheid  试下赛风最新版。电信的网络好用。
198401 发表于 2015-3-3 08:54

赛风确实能打开使用墨西哥代理的谷歌,不过速度非常慢,但这大概已经是国内不用镜像站点最好的代理工具了?GA确实已经不好使,无语

其实我是最希望能有一个完全拷贝的站点(而不是通天塔这种),可以不依赖开代理服务器(除非那个代理开着时速度足够快且不影响其他应用程序)就能使用原谷歌的用完整功能且确保搜索结果集和原版谷歌完全一致的(目前几个站都与原版谷歌有出入),原先有个g1.tohot.com~g5.tohot.com站点系列,现在早就没法用了,要是哪天又找到这样的站了还请分享下啊
发表于 2015-4-5 22:20 | 显示全部楼层
而且赛风似乎还有一点,只能用IE内核浏览器,对Webkit内核的Chrome似乎不起作用,需要安装IE内核兼容插件才行?

http://jingyan.baidu.com/article/17bd8e521f47f385ab2bb8ce.html
发表于 2015-4-5 22:58 | 显示全部楼层
XSkyWalker浏览器也可以
无善 发表于 2015-4-5 22:40

我是说无需代理就能上谷歌,或者代理速度足够快且不影响其他apps,这是最大的难点。不然对个人而言用赛风时还不如开IE,虽然IE经常崩溃且笨重(现在大概基本没人用了吧,放在电脑里做装饰品)但毕竟相对熟悉
发表于 2015-4-6 00:49 | 显示全部楼层
IE内核的360安全浏览器倒有不少人在用,原因大家都懂得……
发表于 2015-4-6 07:11 | 显示全部楼层
57# snelheid chrome使用代理插件即可,推荐everproxy,我这里用赛风最新版速度尚可。代理填写HTTP 127.0.0.1:8080
发表于 2015-4-7 09:12 | 显示全部楼层
57# snelheid chrome使用代理插件即可,推荐everproxy,我这里用赛风最新版速度尚可。代理填写HTTP 127.0.0.1:8080
198401 发表于 2015-4-6 07:11

好的我试试,谢~
发表于 2019-5-24 12:03 | 显示全部楼层
YFull算龄方法谁能分享?
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